Po pierwsze, do ustawy o kontroli skarbowej została wprowadzona regulacja mówiąca o tym, że odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji wydanej w I instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego. Jednakże wyłączenie naliczania odsetek nie znajduje zastosowania, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się kontrolowany albo jego przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. Druga zmiana polega na rozszerzeniu możliwości posiłkowego stosowania przepisów ordynacji podatkowej, w zakresie nieuregulowanym w ustawie o kontroli skarbowej, o art. 54 tej ustawy – określający sytuacje, w których nie nalicza się odsetek za zwłokę.

W obecnym stanie prawnym postępowanie podatkowe o charakterze weryfikacyjnym może być prowadzone zarówno przez organy podatkowe I instancji (według reżimu określonego w ordynacji podatkowej), jak i przez organy kontroli skarbowej (według reżimu określonego w ustawie o kontroli skarbowej z posiłkowym stosowaniem regulacji zawartych w ordynacji podatkowej). Dotychczas, od 2003 r., stosowanie art. 54 ordynacji podatkowej, który minimalizuje konsekwencje przedłużenia postępowania przez organy, było wyłączone w stosunku do podatników, wobec których postępowanie podatkowe prowadziły organy kontroli skarbowej.

W rezultacie, podatnicy, u których zjawili się inspektorzy z urzędu kontroli skarbowej, odpowiadali nie tylko za własne działania skutkujące nieuzasadnionym przedłużaniem postępowania, lecz również za opieszałość samych organów kontroli skarbowej. – Takie różne traktowanie podatników tylko ze względu na fakt, że postępowanie wobec nich prowadzi organ kontroli skarbowej, a nie organ podatkowy I instancji, nie znajdowało uzasadnienia i godziło w konstytucyjne zasady sprawiedliwości i równości. W świetle powyższego, zmiany wprowadzone nowelą należy ocenić zdecydowanie pozytywnie – komentuje Michał Kłos, doradca podatkowy Deloitte, specjalista w zakresie postępowań podatkowych i sądowo-administracyjnych.

Z danych Ministerstwa Finansów wynika, iż w I kwartale 2010 r., organy kontroli skarbowej przeprowadziły już 2226 postępowań kontrolnych i ujawniły nieprawidłowości na kwotę 494 mln zł (w 2009 r. łącznie przeprowadzono 10168 postępowań). – Warto zauważyć, iż z roku na rok rośnie skuteczność organów podatkowych. Przykładowo średnia kwota ustaleń przypadających na jedną kontrolę w 2009 r. wyniosła 239 tys. zł, co stanowiło odpowiednio więcej o 48 i 52 proc. w stosunku do 2008 r. i 2007 r. – wskazuje Inga Jędrzejewska, doradca podatkowy Deloitte, specjalista w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych.

T.Sz., Deloitte