Przebudowa systemu dopłat trwa od początku lat dziewięćdziesiątych. Ze względu na znaczne nadwyżki w produkcji, głównie masła i mięsa wołowego, Unia Europejska odeszła od polityki wspierania cen i produkcji w kierunku wspierania dochodu rolników.
 
Przygotowana przez Komisję ocena funkcjonowania WPR obejmuje m.in. propozycje dostosowania ostatnich reform – z 2003 roku – do zmian w unijnych wydatkach, w związku z przeglądem budżetu przewidzianym w latach 2009 – 2012.
 
Komisja Europejska starała się znaleźć sposób na uproszczenie i zwiększenie efektywności systemu dopłat bezpośrednich skierowanego do rolników. Oznaczało to na przykład zwiększenie liczby przypadków, w których płatności zostaną oddzielone od produkcji w krajach, które zdecydowały się utrzymać zależność między wsparciem i wysokością produkcji.
 
— Oddzielenie płatności od produkcji sprawi, że rolnicy będą uprawiać dla potrzeb rynku, a nie dla potrzeb uzyskania dotacji — uważa przewodniczący komisji rolnictwa Parlamentu Europejskiego, brytyjski poseł Neil Parish.
 
W nowym systemie dotacji rolnych większe znaczenie będą miały kryteria ekologiczne, bezpieczeństwo żywności oraz dobrostan zwierząt. Rolnicy zyskają większą swobodę, która pozwoli im dostosowywać profil produkcji do bieżących wymagań rynku. Nowa wspólna polityka rolna będzie kładła większy nacisk na harmonijny rozwój obszarów wiejskich. W tym celu ograniczono wysokość dotacji dla największych gospodarstw.  

T.Sz., PE