Urodził się w 1961 roku w Gdyni. Jest absolwentem Uniwersytetu Gdańskiego. Po indywidualnym toku studiów obronił na ocenę bardzo dobrą pracę magisterską pt. „Granice dozwolonej działalności dziennikarskiej".

Po ukończeniu studiów pracował  w Prokuraturze Rejonowej w Elblągu, a w październiku 1988 r. przeszedł do Prokuratury Rejonowej w Gdańsku. W 1991 r. powołany został na zastępcę prokuratora rejonowego w Gdańsku, od 1993 do 2000 r. był prokuratorem rejonowym w Gdyni, a od października 2000 r. prokuratorem okręgowym w Gdańsku. Był członkiem Odwoławczego Sądu Dyscyplinarnego przy Prokuratorze Generalnym RP.

W latach 2000 – 2001, gdy ministrem sprawiedliwości był Lech Kaczyński, Kaczmarek sprawował funkcję wiceprokuratora generalnego. Nadzorowane przez niego śledztwo w sprawie Centrozapu, w ramach którego na polecenie prokuratury zatrzymano oficera katowickiej delegatury Urzędu Ochrony Państwa, wywołało konflikt między kierowanym przez Kaczyńskiego resortem, a koordynatorem służb specjalnych Januszem Pałubickim i ministrem SWiA Markiem Biernackim. Premier Jerzy Buzek odwołał wówczas Kaczyńskiego z funkcji ministra.

Od sierpnia 2001 r. Kaczmarek był wicedyrektorem Biura Postępowania Przygotowawczego w Prokuraturze Krajowej. Po objęciu władzy przez ekipę Leszka Millera został mianowany na prokuratora apelacyjnego w Gdańsku.

W grudniu 2005 roku minister Zbigniew Ziobro powołał go na szefa Prokuratury Krajowej, w miejsce Karola Napierskiego. 7 lutego 2007otrzymał propozycję objęcia stanowiska ministra spraw wewnętrznych i administracji. Zastąpił Ludwika Dorna, który podał się do dymisji.

Kaczmarek prowadzi zajęcia z prawa karnego materialnego na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu, udzielał się też jako wykładowca Studium Doskonalenia dla Nauczycieli, Psychologów i Pedagogów w Gdańsku z zakresu zagadnień prawnych związanych z przemocą w rodzinie i szkole. Publikował w pismach „Przegląd Oświatowy", „Prokuratura i Prawo" oraz „Państwo i Prawo". Jest felietonistą miesięcznika „Edukacja Prawnicza" oraz autorem książki „Porwania dla okupu" i współautorem monografii „Przestępczość zorganizowana w ujęciu praktycznym".

Anna Proksa