Z raportu Izby wynika, że od momentu powstania (2001r.) Grupa PKP nie osiąga zadowalających wyników finansowych: ponosi straty, rośnie jej zadłużenie, występują zatory płatnicze między spółkami. Nie pomogły wewnętrzne działania naprawcze: rozszerzanie asortymentu sprzedaży, redukcja kosztów i poprawa windykacji należności. Główne przyczyny kłopotów Grupy PKP to według NIK nieskuteczna restrukturyzacja, która zawiodła na wszystkich polach: finansowym, organizacyjnym i własnościowym. 

Prywatyzację polskiej kolei zakładała ta sama ustawa, na mocy której powstała Grupa PKP. Gdyby jej zapisy zostały zrealizowane – od kilku lat działałyby w Polsce odrębne przedsiębiorstwa kolejowe, konkurujące ze sobą. Jednak prywatyzacji zaniechano. Od 2001 roku wdrażano za to 3 programy restrukturyzacji, jednak żaden z zakładanych celów nie został osiągnięty: nie przekazano majątku spółkom Grupy, nie zmniejszono zadłużenia Grupy, nie ustabilizowano zasad ustalania opłat za dostęp do infrastruktury, nie oddzielono zarządcy infrastruktury kolejowej od spółek przewozowych, a przede wszystkim nie sprywatyzowano spółek, m.in. Cargo, Intercity, Energetyka. 

Zarząd PKP SA uważa, że jedną z najważniejszych przyczyn zaniechania prywatyzacji jest spadek popytu na usługi przewozowe, ale jednocześnie utrzymywane są jedne z najwyższych w Europie opłaty za korzystanie z dostępu do infrastruktury kolejowej (dzisiaj stanowią one ok. 30 proc. kosztów własnych przewoźników, podczas gdy np. w Niemczech te same opłaty były dwukrotnie niższe). Zdaniem NIK to właśnie niestabilne regulacje prawne dotyczące dostępu do infrastruktury kolejowej są jedną z ważniejszych barier prywatyzacji spółek kolejowych.

PKP SA nie wypełniła także swojego ustawowego obowiązku i nie przekazała spółkom Grupy należnego im majątku (do końca października 2009 r. PKP Intercity otrzymało 0,25 proc. należnych im nieruchomości, PKP Cargo 0,02 proc., a PKP PLK do czerwca 2009 r. nie przekazano żadnych gruntów - pozostałe składniki majątkowe nadal objęte były umowami dzierżawy). Opóźnienia w przekazywaniu majątku sięgają 6 lat. Spółki zależne od lat płacą więc za dzierżawę czegoś, co dawno powinno być ich własnością i bez czego mają ograniczone szanse na rozwój i prywatyzację.

Kontrolerzy szczególnie mocno podkreślają, że kwoty uzyskane z dzierżawy były „formalnie” przychodem PKP SA, która w ten sposób „poprawiała” swój wynik finansowy. Gdyby odliczyć pobrane kwoty, PKP SA np. w 2007 r. zamiast zysku brutto 84,6 mln powinna wykazać stratę nie mniejszą niż 150 mln. Co za tym idzie: wyniki finansowe pozostałych spółek byłyby lepsze. Jednocześnie, gdyby PKP SA przekazała majątek, musiałaby zapłacić gigantyczny podatek (6 mld). Ewentualna nowelizacja przepisów podatkowych w tej sprawie mogłaby jednak zostać potraktowana jako niedozwolona pomoc publiczna.

T.Sz., NIK